Kobyly ležia v Šariši, vo východnej časti Bartošovskej kotliny, v nadmorskej výške okolo 370 metrov. Relatívna blízkosť Bardejova /12 km/, ktorý v minulosti patril k najvýznamnejším kráľovským mestám Uhorska, spôsobila, že obec s ním neraz spájali spoločné osudy, odrážajúce neustále sa meniace spoločensko-politické a hospodárske pomery na Slovensku.